Az 1990-es évek végére az underground emo színtér szinte teljesen eltűnt. A kifejezést azonban még mindig alkalmazták a mainstream médiában a kevés megmaradt '90-es évekbeli együttesre, mint például a Jimmy Eat World.

A ’90-es évek vége felé azonban a Jimmy Eat World mainstreamebb irányt válaszott magának, és a 2001-es Bleed American megjelenésére gyakorlatilag eltűntek a zenéjéből az emo hatások. Az együttest azonban továbbra is összekapcsolták a köztudatban bennragadt „emo” kifejezéssel. Azok az új együttesek, amelyek a Jimmy Eat Worldre hasonlító hangzásvilággal bírtak, váltak az emo harmadik generációjává.

Chris Carrabba, a Further Seems Forever énekesének projektje, a Dashboard Confessional 2003-ban futott be. A Carrabba zenéjéhez tartozó szövegek mély, naplóbejegyzésszerű érzelemkitörések voltak, a korábbi emo sötét és fájdalmas szövegei helyett Carrabba a megszerzett, elvesztett és feldolgozhatatlan szerelem témájára koncentrált. Az új „emo” közönsége ezzel elmozdult, a serdülő korosztály irányába.

A Dashboard Confessional és a Jimmy Eat World sikere után a nagy kiadók hasonló hangzású együtteseket kezdtek kersni. A korai '90-es évek grunge-robbanásához hasonlóan, mikor is számos együttest akaratuk ellenére cimkéztek fel a jelzővel, a nagy kiadók most is el akartak adni néhány együttest az emo címszó alatt.

Ugyanebben az időszakban vált el az „emo” kifejezés a zenei stílustól, ami további zavart eredményezett a terminus használatában. Az „emo” szót kapcsolatba hozták az nyílt, erős érzelmi megnyilvánulásokkal. Az emo rajongóinak jellemző öltözködését és viselkedésmódját is gyakran írták le ezzel a szóval. Ennek eredményeképp olyan együttesek, amelyek lazán kapcsolódtak az „emo” trendez vagy az imázsukban egyszerűen csak jelentős szerep jutott az érzelmeknek, szintén a skatulyába kerültek.

Az emo szót ekkor már együtteseknek a '90-es évekbelinél is szélesebb és heterogénebb sorára alkalmazták. A kifejezés annyira elterjedtté vált, hogy közel lehetetlenné vált meghatározni, hogy mit jelent az „emo” szó.

Hibásan-e vagy sem, az alábbi jelenkori bandákat (is) emonak nevezik: Alexisonfire, Brand New, Bright Eyes, Coheed and Cambria, Death Cab for Cutie, Fall Out Boy, From First to Last, Funeral for a Friend, Hawthorne Heights, My Chemical Romance, Panic! at the Disco, Senses Fail, Something Corporate, The Starting Line, Story of the Year, Taking Back Sunday, Thursday, és a The Used.Az együttesek „emo” megítélése gyakran ellentmondásos. A felsorolt együttesek számos rajongója visszautasítja az „emo” címke használatát és hosszasan ecseteli, hogy miért is hibás a szó alkalmazása az adott együttesre. Sok esetben a kifejezés zenei hasonlóságok, öltözködési szokások, vagy az együttes emoszcénán belüli népszerűségének és nem az együttesnek az emo zenei stílushoz való kötődésének köszönhető (számos együttes tiltakozása az emo skatulya ellen az indie emoegyüttesek '90-es évek vége felé való stílusváltására emlékeztet).

Az emo szócska ilyen széleskörű alkalmazása komoly szakadékokat hozott létre az „emo” különböző ágai között. A hardcore gyökerekhez közel lévők felháborodnak, ha másfajta zenét is emonak neveznek. Mind a '80-as és a '90-es évek független szellemiségű emójában szerepet vállaltak fel vannak háborodva azon, hogy az emo szócskát kisajátították azért, hogy új generációknak lehessen eladni a nagy kiadós zenéket. Tény ami tény, a populáris kultúra láthatóan az eredeti jelentésén túlmenően magáévá tette a kifejezést.

Furcsa módon az új emo egy altípusa, a screamo nemrégiben jelentős népszerűségre tett szert olyan együtteseknek köszönhetően, mint a Thrice és a Glassjaw. A screamo kifejezést mindazonáltal teljesen másra használták még a korai ’90-es években és a mai screamo együttesek jobban emlékeztetnek a korai ’90-es évek fővonalas emojára. Tovább bonyolítja a helyzetet, hogy a régi screamo még mindig jelen van néhány kis underground színtéren. A „screamo” új típusú felhasználása jól példázza, hogy milyen mértékben teszik nehézzé az „emo”-hoz kötődő fogalmak a változatos zenei stílusok kategorizálását.

Az „emo”-nak, mint zenei stílust leíró szócskának a meghatározását tovább bonyolítja, az, amit Guy Picciotto (Fugazi, Rites of Spring) válaszolt 2003-ban egy interjúban Mark Prindle-nek a kérdésre, miszerint is „milyen érzés az emo stílus létrehozójának lenni”?

A válasz a következőképp hangzott: „Ezt a dolgot inkább nem tulajdonítanám magamnak. Sosem éreztem, hogy „emo” egy zenei stílust jelöl. Számomra mindig is a legidiótább kifejezések közé tartozott. Tudom, hogy minden együttes, ami megkapja ezt a jelzőt, utálja. Úgy érzik, mintha megszégyenítenék őket. De komolyan, én mindig azt hittem, hogy punkrock-együttesekben játszom. Az ok, amiért hülyeségnek tartom az egészet, hogy – miért, talán a Bad Brains nem lett volna érzelmes? Miért – talán robotok voltak, vagy mi a halál? Nem látom sok értelmét a dolognak.”.